우리나라에는 삼국이전부터 과하마란 소형마와 고마라는 중형마가 사육되었다는 기록은 있지만 제주도에서 이 시기에 말이 사육되었다는 기록은 없다. 제주도에서 본격적으로 말을 기르게 된 것은 고려원종 때 유목민족인 원이 제주도에 들어와 목장을 설치하고 충렬왕 2년(1276년) 탑자적(塔刺赤)을 다루가치로 임명하여 몽고말 160필을 들여오면서 부터이다. 물론 고려 이전에도 제주도에 재래마가 있었을 가능성은 높다. 그러나 고유한 재래마가 아직까지 보존되었다고 보기는 어렵고 원의 목장설립시 들어온 몽고마에 의해 그리고 그후 품종개량을 위해 도입된 북방계 유량마에 의해 잡종화된 중형마로 우리 기후에 오랫동안 적응된 말을 제주의 제주마라 함이 타당하다고 본다.

고려이후 조선조에 있어서도 제주도는 말을 많이 사육하여 우리나라의 말 공급지로서 중요한 역할을 하였으나 세공으로 인한 사육자부담과 일제에 의한 통치, 1960년대 이후 수송수단의 발달 보급 등으로 이용도와 경제적 가치가 떨어져 1984년 말에는 제주마가 1,000마리로 급격히 감소하게 되었다. 이에 따라 제주도 축산사업소에 비교적 순수혈통이 유지 보호되어 격리 사육되고 있던 60여두의 제주마를 1986년도에 지정 보호하게 되었다.

제주의 제주마 체고는 평균 암컷이 117㎝, 수컷은 115.2㎝의(210마리조사) 중형마로 체질이 강건하고 성품이 온순한 특징을 지녔으며 병에 대한 저항력과 생존력이 강하다. 혈청조사에 따르면 알부민과 프레알부민에서 제주마와 개량마의 차이가 현저하며 트란스 페린에서는 제주마와 교잡마의 차이가 나타났다. 따라서 제주마, 교잡마와 개량마의 상호간에는 혈청 유전학적으로 유전적 차이가 인정된다. 제주마의 모색은 밤색(38.6%), 적갈색(29.5%), 회색(22.4%), 흑색(6.2%), 담황색(2.4%), 얼룩색(0.9%)순이다. (210마리 조사)

오늘날 제주도 축산업소에서는 혈통보존과 사육능력을 감안하여 지정한 적정보유두수(70두내외) 초과분에 한하여 매년 자체 제주마심사위원회(위원장 포함 7명)의 엄정한 심사를 거쳐 번식불량, 체형부적합등 도태대상 말을 일반 농가에 분양하고 있다. 제주도 축산사업소 내의 천연기념물 제주마는 12월∼익년 4월까지는 제주도 축산사업소 내에서 종모마·육성마·자마 등으로 격리 사육되고 5∼11월 사이에는 종마장(견월악 방목지 : 한라산 600m고지)으로 이동 방목되고 있다. 보호 관리중인 모든 재래마는 몸집측면에 고유번호를 표기하고 고유번호별 관리대장을 비치 기록 유지하여 혈통보존 유지관리 및 순수품종 개량에 최선을 다하고 있다.

출처: 남북한의 천연기념물 http://nm.nktech.net/